Gephi ことはじめ

グラフとかビジュアライゼーションとかやってみたい，ということで Gephi を触ってみた．試してみるネタとして，手元の Gentoo にインストールされているパッケージの依存関係をグラフにするというもの．

1. データの準備

現在インストールされているパッケージは 1,100 ほど．eix と equery を使用して，それぞれのパッケージの依存関係をすべて CSV に落とす．

# eix-installed -q all | while read pkg; do equery -q d $pkg | sed -e "s|$|,$pkg|"; done | tee data.csv
# wc -l data.csv
9783 data.csv
# head data.csv
x11-libs/gtk+-3.18.7,app-accessibility/at-spi2-atk-2.18.1
app-accessibility/at-spi2-atk-2.18.1,app-accessibility/at-spi2-core-2.18.3
app-accessibility/speech-dispatcher-0.8.1,app-accessibility/espeak-1.47.11-r1
www-client/chromium-49.0.2623.75,app-accessibility/speech-dispatcher-0.8.1
app-eselect/eselect-blas-0.1,app-admin/eselect-1.4.4
app-eselect/eselect-cblas-0.1,app-admin/eselect-1.4.4
app-eselect/eselect-ctags-1.18,app-admin/eselect-1.4.4
app-eselect/eselect-fontconfig-1.1,app-admin/eselect-1.4.4
app-eselect/eselect-java-0.1.0,app-admin/eselect-1.4.4
app-eselect/eselect-lib-bin-symlink-0.1.1,app-admin/eselect-1.4.4

それなりの規模のデータになった．

2. グラフの作成

Gephi のチュートリアルを見ながら試行錯誤してみた結果が以下．

SVG 版: https://drmn.jp/blog/20160307-portage.svg

何かの目的を持ってグラフを作成したわけではないのだけれど，簡単なことは見えてくる．

• pkgconfig が依存され度ナンバーワン
• Python, Perl, Java, Haskell 関連のパッケージは当該言語内の依存関係が強い (当然)．そのなかでも Haskell は孤高の存在
• 依存によるコミュニティ分類が，パッケージの種類に対応していそうなところと，混ざっていそうなところがある．メディア関連ライブラリはかなり独立しているのに対し，X 関連と開発関連が混じっているという点が見られる

参考

• Quick Start - Gephi.org
  https://gephi.org/users/quick-start/